#  Li-Rinzel closed-cell model .ode file.

# Dimensional version corresponding to Eqs. 5.42, 5.43

# Used for Figs. 8, 9, and 10B (bifurcation diagrams and nullclines)

#  Produced 3 figs: lr_bifip3(a=2), lr_bifct(i=0.9), lrclose
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# The equations

dC/dt = fi/Vi*( (L + P*( (I*C*h)/( (I+Ki)*(C+Ka) ) )^3 )*(Ce - C) - Ve*C*C/(Ke*Ke+C*C) )
dh/dt = A*( Kd - (C + Kd)*h )

Ce = (Ct - C)/sigma

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# The parameters
# I = uM
par I=0.4
# Ct = uM
par Ct=2
par fi=0.01
# Vi = pL
par Vi=4
# L,P = pL/s
par L=0.37
par P=26640
# C, Ce, I, Ki, Ka, Ke, Kd = uM 
par Ki=1.0
par Ka=0.4
# Ve = aMol/s [sic]
par Ve=400
par Ke=0.2
par A=0.5
par Kd=0.4
par sigma=0.185

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# The initial conditions
C(0)=0.2
h(0)=0.8
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aux Ce=Ce
#
@ TOTAL=30,DT=.02,xlo=0,xhi=2,ylo=0,yhi=1.5
@ xplot=c,yplot=h
@ dsmin=1e-5,dsmax=.1,parmin=-.5,parmax=.5,autoxmin=-.5,autoxmax=.5
@ autoymax=.4,autoymin=-.5
set vvst {xplot=c,yplot=h,xlo=0,xhi=1.5,ylo=0,yhi=1.5,total=100 \
	dt=0.01,meth=qualrk}
done