# The Morris-Lecar + Li-Rinzel model .ode file.

# PM equations
V'= (-I_k - I_ca - I_kca)/Cm
n'= (ninf(v)-n)/tau(v)

# PM functions
minf(V)=.5*(1+tanh((V-V1)/V2))
ninf(V)=.5*(1+tanh((V-V3)/V4))
tau(V)= 1/(phi*cosh((V-V3)/(2*V4)))
I_ca=gca*minf(V)*(V-Vca)
I_k=gk*n*(V-Vk)
I_kca=gkca*(V-Vk)*C**4/(C**4+Kca**4)

# PM parameters
# units: V = mV; Kca = uM; Cm = uF/cm^2; g = uS/cm^2; phi = 1/s 
params Vk=-85,Vca=120,Kca=0.5,Cm=1
params gk=20,gca=20,gkca=8,phi=12
params V1=-3,V2=30,V3=-20,V4=30

# ER equations
dC/dt = fi/Vi*( (L + P*( (I*C*h)/( (I+Ki)*(C+Ka) ) )^3 )*(Ce - C) - Ve*C*C/(Ke*Ke+C*C) + eps*(-alpha*I_ca - Vp*C*C/(Kp*Kp + C*C)) )

dh/dt = A*( Kd - (C + Kd)*h )

dCt/dt = fi/Vi*eps*(-alpha*I_ca - Vp*C*C/(Kp*Kp + C*C))

Ce = (Ct - C)/sigma

# ER parameters
par fi=0.01
# Vi = pL
par Vi=4
# L,P = pL/s
par L=1.48
par P=2960
# I, C, Ce, Ct,I, Ki, Ka, Ke, Kd, Kp = uM 
par I=0.9
par Ki=0.0
par Ka=0.4
# Ve, Vp = aMol/s [sic]
par Ve=480
par Ke=0.2
par A=2.0
par Kd=0.4
# sigma,eps, fi = unitless
par sigma=0.185
par eps=0.01
par Vp=400
par Kp=0.3
# alpha = aMol cm^2/nC (approximately Acell/(2*Faraday) in those units)
par alpha=0.2

# The initial conditions
V(0)=-36
n(0)=0.2
C(0)=0.16
h(0)=0.8
Ct(0)=1.6

aux Ce=Ce
aux jin=-alpha*I_ca

@ TOTAL=30,DT=0.002,xlo=0,xhi=30,ylo=-90,yhi=30
@ xplot=t,yplot=v
@ bounds=100000000,maxstor=10000000

done