#  Li-Rinzel open-cell model .ode file.

# Dimensional version corresponding to Eqs. 5.48, 5.50, 5.51

# Used for Figs. 8, 9, and 10B (bifurcation diagrams and nullclines)

# The equations

dC/dt = fi/Vi*( (L + P*( (I*C*h)/( (I+Ki)*(C+Ka) ) )^3 )*(Ce - C) - Ve*C*C/(Ke*Ke+C*C) + eps*(Jin - Vp*C*C/(Kp*Kp + C*C)) )

dh/dt = A*( Kd - (C + Kd)*h )

dCt/dt = fi/Vi*eps*(Jin - Vp*C*C/(Kp*Kp + C*C))

Ce = (Ct - C)/sigma

#
# The parameters
# Jin = aMol/s
par Jin=1200
par fi=0.01
# Vi = pL
par Vi=4
# L,P = pL/s
par L=0.37
par P=26640
# I, C, Ce, Ct,I, Ki, Ka, Ke, Kd, Kp = uM 
par I=0.9
par Ki=1.0
par Ka=0.4
# Ve, Vp = aMol/s [sic]
par Ve=400
par Ke=0.2
par A=0.5
par Kd=0.4
# sigma,eps, fi = unitless
par sigma=0.185
par eps=0.01
par Vp=2000
par Kp=0.3


#
# The initial conditions
C(0)=0.2
h(0)=0.8
Ct(0)=4.0
#
aux Ce=Ce
#
@ TOTAL=300,DT=0.02,xlo=0,xhi=2,ylo=0,yhi=1.5
@ xplot=t,yplot=C
@ dsmin=1e-5,dsmax=.1,parmin=-.5,parmax=.5,autoxmin=-.5,autoxmax=.5
@ autoymax=.4,autoymin=-.5
set vvst {xplot=c,yplot=h,xlo=0,xhi=1.5,ylo=0,yhi=1.5,total=100 \
	dt=0.01,meth=qualrk}
done